保費、部分負擔計算原則

全民健保的支出主要為醫療服務支出，其經費主要來源為保險費的收入（表3），其中被保險人占38％、投保單位占36%、政府補助占26%（圖1）。值得注意的是，為體現全民健保社會救助的理想，保險費的負擔比率也依保險對象類別不同而有差異（表4、表5），其中第四類（義務役軍人、軍校軍費生、替代役役男、在恤遺眷）、第五類低收入戶和第六類無職業的榮民，保險費完全由政府撥款補助。

依薪資所得等級申報投保金額
在投保金額方面，第一類至第三類被保險人之投保金額，由主管機關擬訂分級表，報請行政院核定，目前共有47級（表6）。第一類及第二類的民眾，由投保單位（雇主）或民眾每月的薪資所得，依照該表所屬的等級申報。至於屬於第三類民眾的投保金額目前為1萬9,200元。
部分負擔  建立「使用者付費」觀念
自健保開辦至94年6月底，門、急診部分負擔已進行多次調整。為鼓勵民眾小病看社區診所，需要進一步檢查或治療時再轉診到大醫院，自94年7月15日起施行轉診制度，以促使健保資源的有效運用，門診基本部分負擔亦配合修正（表7）。
住院部分負擔設有上限
民眾若罹患急性、慢性病需要住院時，醫療費用部分負擔一般情況下約為5％∼10％（表8）；又為減輕民眾負擔，對於急性病房住院30日以下、慢性病房住院180日以下，訂定負擔金額上限，由衛生署每年依法公告。（94年以同一疾病每次住院2萬4,000元、全年累計住院4萬1,000元為上限）
門診基本、藥費及復健傷科部分負擔
西醫門診基本部分負擔按「未轉診」及「轉診」兩種方式計收。民眾若未經轉診直接到醫學中心、區域醫院、地區醫院就醫，就會提高部分負擔；如經轉診則維持原標準。牙醫、中醫不分層級一律計收50元（表9）。
另當民眾看病時，如藥費超過一定金額，或是接受2次以上的復健或中醫傷科的治療，都需要繳交部分負擔費用。
特殊情況得免除部分負擔
為了不讓部分負擔影響某些患者的正常就醫，只要符合全民健康保險法第36條各款情形之一者，如重大傷病（表10）、分娩、預防保健、到山地離島地區院所就醫者，及榮民、低收入戶、職業傷病患者、結核病患及3歲以下兒童等已由相關單位支付者，得免部分負擔；身心障礙人士則一律以基本部分負擔50元計收。另外，針對特定項目如接受門診論病例計酬項目服務、持慢性病連續處方箋的患者，可免除門診藥品部分負擔。
為方便慢性病患者的例行取藥，健保局提出慢性病連續處方箋的設計。慢性病連續處方箋是醫師開給慢性病患者的長期用藥處方箋，當醫師診斷後認為屬於公告之慢性病且病情穩定，可在3個月內使用同一種處方用藥者，就能開給慢性病連續處方箋，這種處方箋可分次領藥，自醫師開給處方日起3個月內皆有效。
健保特約醫療院所皆可開給慢性病患者慢性病連續處方箋，慢性病患者持慢性病連續處方箋再次配藥時，可至原處方醫療院所、健保特約藥局配藥，免部分負擔且不會計入就醫次數，既省時又省錢。