健保署為全力支援醫院防疫，使醫院不擔心資金問題，將依疫情變化及醫院積極配合抗疫情形分三階段先注入健保現金費用協助：
第一階段：優先針對「北北基桃重度級急救責任醫院」，將今年5、6月的健保申報給付，直接按照108年度同期核定費用先予以八成一次給付，已於6月4日撥付17家醫院共179億元。
第二階段：針對「北北基桃宜重度及中度級」及「其他縣市重度級」急救責任且為隔離醫院及台大金山醫院(偏遠)、桃園新屋(縣市應變)，合計43家，預計於6月11日撥付約216億元。
第三階段：將健保現金浥注一事，擴大至全國其他各醫院。
另外，醫院協會6月3日會議共識，110年第二季所有醫院，一般服務保障至108年同期核付收入之9成，上限不超過108年收入。110年一般服務點值以1點1元計算，超出9成以上之部分，責付由各分區共管會議併同新醫院、特殊醫院服務的剛性需求等因素研商分配機制。另專款及其他部門仍依原規定執行。這個提案待醫院協商會議及共擬會議通過後，報部後就可執行，這措施讓醫院有一定收入，不會因疫情而造成經營困難。
疫情期間，不論資金挹注協助週轉，或保障醫院在健保收入，健保署皆已規劃執行，政府已編列特別預算500億元因應疫情，醫院在治療COVID-19病人的醫療費用也由特別預算支付，不會由健保總額支應，期待院長們專心抗疫，我們一起共渡難關。