依「全民健康保險醫事服務機構特約及管理辦法」第十四條及「全民健康保險辦理自付差額特殊材料之作業原則」之規定辦理。
現行健保已給付特材品項，大多已符合保險對象之需求。保險對象如經醫師詳細說明並充分告知後，自願選用未全額給付範圍之自付差額品項(如冠狀動脈塗藥支架、特殊功能之人工水晶體、特殊人工髖關節等特殊材料)者，健保署按全額給付類似功能產品之支付上限金額給付，不足部分，則由保險對象自行負擔。
一、作業程序
保險醫事服務機構（以下簡稱醫事機構）提供保險對象應自付差額之特殊材料時，為使民眾獲得充分資訊，告知程序應為二階段作業，說明如下：
一、第一階段
(一)醫事機構應於手術或處置前2日（緊急情況除外），由醫師交付說明書予保險對象或家屬，同時充分向保險對象或家屬解說，並由醫師及保險對象或家屬共同簽名一式二份，一份交由保險對象或家屬保留，另一份則保留於病歷中。
(二)說明書內容包括：自付差額特材品項之費用及產品特性、使用原因、應注意事項、副作用與健保給付品項之療效比較。
二、第二階段
(一)保險對象或其家屬於獲得相關醫療資訊後，醫事機構應另行向其說明收費情形並給予充分考慮時間，再請其簽署同意書一式二份，一份交由保險對象保留，另一份則保留於病歷中。
(二)同意書載明事項
1.自付差額品項名稱及品項代碼。
2.醫療器材許可證字號。
3.單價、數量及自費金額。
(三)醫事機構應摯發收據交予保險對象或家屬收存。應另檢附明細表詳列自付差額品項名稱、品項代碼、單價、數量及自費總金額，提供保險對象或家屬收存。
三、費用申報
(一)健保署對於各廠牌、品項定訂特材代碼，申報費用時應依實際使用狀況申報特材代碼，依現行健保全額給付類似功能產品之支付點數申報。該特材代碼如有增刪或變更，健保署將另行公告。
(二)相關支付標準及申報費用事宜，依現行規定辦理。
四、資訊公開
(一)收費標準：應先報請所在地之衛生主管機關核定。
(二)醫事機構應將使用之品項名稱、品項代碼、收費標準（包括醫院自費價、健保支付價及保險對象負擔費用）、產品特性、副作用、與本保險已給付品項之療效比較等相關資訊，置於醫療機構之網際網路或明顯之處所，以供民眾查詢。
上開資料除應置於各醫事機構如全球資訊網，明顯且民眾易搜尋之位址外，並應透過健保署健保資訊網服務系統(VPN)申報至「醫事機構收取特材自費申報系統」，可隨時更新申報新增或刪除自付差額品項及變動價格。
五、未符規定處理方式
醫事機構如有未依「全民健康保險醫事服務機構特約及管理辦法」第十四條之規定配合辦理事先告知、資訊公開等事宜，或不當向保險對象收取自付差額品項之費用，依同辦法第三十六條規定應予以違約記點一點。