一、全民健康保險
全民健保已邁入第25年，持續獲得國際肯定，根據CEOWORLD雜誌2019年針對世界89個國家「健康照護指標」評比，及Numbeo(全球數據資料庫網站) 2020年Health Care Index評比，台灣均名列世界第一。在COVID-19防疫期間，更是協助防疫的重要制度。
全民健保特色及防疫角色如下：
(一)、單一保險人制度
台灣的健保制度於1995年開辦，並成立單一的保險人—中央健康保險署，基本保險費依每月薪資按照保險費率計算，並由被保險人、雇主、政府分攤，對於弱勢族群的保險費及部分負擔則由政府補助或減免。因單一保險人制度，使健保協助防疫之政策讓全台灣民眾與醫界均能獲益。
(二)、醫療保障完整
全民健保的給付範圍包含所有必要的醫療，包括門診、住院、牙醫、中醫以及處方藥品，就醫時繳交定額的部分負擔，其餘的醫療費用由全民健保支付。因此，民眾就醫無須擔心醫療費用，健保保障民眾可以獲得完整的醫療照顧，安心就醫。
(三)、就醫可近性高
全民健保與全國約91.9%的醫療院所特約(醫院100%、基層診所91.8%、藥局81.7%)，民眾可以自由選擇就醫，平均每年每人就醫次數達15次以上。臺灣高可近性、低部分負擔的醫療環境，使民眾凡有身體不適時，習慣性至醫療機構尋求檢查與治療，在疫情流行期間，讓醫界更容易觸及潛在或輕症的病患與追蹤，對防疫工作有極大的助益。
(四)、醫療資訊自動化
醫院申報及支付系統均全面自動化，透過電腦自動審查醫療院所的申報資料增加效率，也使得台灣健保行政費用達到世界最低(低於醫療費用的1%)。在網路系統上，則採用健保資訊網(Virtual Private Network, VPN)封閉性專屬網路，安全性高。在COVID-19防疫期間，旅遊史、病史等醫療資訊的即時分享，是協助醫事人員發現、追蹤病患的重要工具。
(五)、健保IC卡
健保署採用IC晶片卡做為保險憑證，提供民眾多重智慧功能，亦是病患及醫療院所之間的重要連結，醫師可快速取得病患近期的就醫資訊，同時也可用作疫情爆發時追蹤病患之用，例如2003年爆發的SARS疫情及2020年的COVID-19，運用健保IC卡可使疑似個案被即時追蹤掌握，有助於疫情防治。
(六)、推動分級醫療
為提升醫療品質，健保也推動分級醫療制度，除強化基層醫療院所服務量能，並調高醫院重症支付標準，導引醫院減少輕症服務。也建構醫院與診所間的垂直整合策略聯盟，由大型醫院帶頭與鄰近基層院所進行垂直整合的策略聯盟，建立病人上、下轉診的合作管道，醫療院所各司其職，提供民眾全方位的醫療健康照護。在疫情流行期間，民眾透過分級醫療即可就近獲得醫療照護，可以避免病患湧入醫院可能引發的群聚感染。
二、推動數位健康
(一)、健保醫療資訊雲端查詢系統協助防疫
全民健保透過「健保雲端醫療資訊」分享服務，把分散在不同醫院與診所的就醫資料，可以進行跨院所、跨縣市、不分假日與晝夜即時共享，有效運用醫療資源。健保署2013年起建置以病人為中心的「健保雲端藥歷系統」。2015年起擴大發展為「健保醫療資訊雲端查詢系統」，整合西醫用藥、檢查(驗)紀錄與結果、手術紀錄、牙科處置及手術、出院病摘、中醫用藥、復健醫療、過敏藥物及特定管制藥品及凝血因子用藥紀錄等11項病人跨院就醫資訊與預防接種資料、2018年起新增電腦斷層(CT)、磁振造影(MRI)、超音波、X光醫療影像、胃鏡及大腸鏡等計47項影像收載與共享。
在COVID-19疫情爆發初期，為了有效避免高風險民眾流竄以及就醫造成的醫療院所感染風險，健保署依行政院與中央流行疫情指揮中心指示，迅速規劃以醫療人員熟悉的健保醫療資訊雲端查詢系統為平臺，在不涉及個資的前提下，新增就醫民眾旅遊史與接觸史查詢功能，協助前線醫療人員判斷疾病風險與採取相關感染管制措施。
(二)、健康存摺系統
健保署於2014年建置健康存摺，民眾只要完成身分認證，即可透過網路查詢下載近3年自身就醫及健康資料。包括門、住診、手術、用藥紀錄、過敏資料、肝癌風險預測、末期腎病評估、檢驗檢查結果、預防保健資料、器捐及安寧緩和醫療意願、成人預防保健、疫苗接種及生理量測等14大項資料。
健康存摺在COVID-19防疫期間，因配合口罩購買實名制，民眾只要完成身分認證或手機認證，即可登入健康存摺預購口罩，表現亮眼。
三、健保科技防疫
本次防疫過程中，臺灣政府第一時間採取必要措施以調查傳染病來源及防堵疫情擴散，健保資料庫及多年來建置之雲端系統成為協助防疫之利器之一，依據「傳染病防治法」及「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」相關規定執行，在保護個人隱私方面維持最小侵害性原則，以謀求最大之公共衛生安全利益。
(一)、健保資料庫協助防疫
1. 健保署協助疾管署疫情調查，提供就醫資料與健保大數據分析
健保署依指揮中心提供之防疫名單，每日提供就醫資料分析，以利疾管署進行疫情調查與整體疫情管控，落實疫情監控與管制。
2. 健保署與疾管署合作於健保電子轉診平台，增加「指定社區採檢院所」促進轉診收治分流就醫
健保署與疾管署合作，針對COVID-19疑似個案採檢，於健保電子轉診平台，增加「指定社區採檢院所」，並於健保醫療資訊雲端查詢系統顯示尚未完成採檢之通知，促進轉診收治分流就醫，落實病人適當之安置。
3. 雲端系統加註個人旅遊史、接觸史及職業註記
健保署對於須居家檢疫的民眾於健保醫療資訊雲端查詢系統加註旅遊史、居家隔離的民眾加註接觸史、另加註特定高風險職業別或群聚史，以便醫師於臨床治療病人時，評估感染風險。
4.健保給付遠距診療幫助居家隔離、居家檢疫
因應COVID-19疫情，居家檢疫、居家隔離和進行自主健康管理的民眾如有急迫醫療需要且無發燒或呼吸道症狀，應聯繫當地衛生局防疫專線，經衛生局轉介至指定通訊診療醫療機構，安排視訊診療，另為顧及民眾隱私，醫師應於醫療機構診間內進行視訊診療，且以上皆納入健保給付。
(二)、口罩實名制
「口罩實名制」運用全台灣每人均有的健保卡，做為口罩購買憑證，並註記民眾購買口罩數量及日期，購買方式從「口罩實名制1.0」的實體通路，增加「口罩實名制2.0」的網路通路，後續為了更適應台灣民眾的超商生活文化，推出更便利的「口罩實名制3.0」，讓民眾可以直接在超商事務機插卡預購口罩並當場繳費。
- 口罩實名制1.0：實體通路
健保署於「健保醫療資訊雲端查詢系統」下建置「防疫口罩管控系統」，透過健保特約藥局與衛生所販售口罩。另為提供民眾查詢實體通路藥局口罩庫存數量，健保署即時釋出「健保特約機構口罩剩餘數量明細清單」及「健保特約院所固定服務時段」資料集至政府開放資料平臺，讓民間及業界進行多元加值應用，使民眾方便查詢口罩購買地點及庫存量，包括地圖應用、APP、Line應用、Chatbot、語音助理等，開發種類與數量持續增加。
- 口罩實名制2.0：網路通路
為改善購買實體藥局與衛生所口罩排隊與分配問題，政府推出「口罩實名制2.0」，民眾可以透過健保卡、自然人憑證登入平台，或是藉由「全民健保行動快易通APP」，進行身分認證和手機認證進行口罩預購，亦可透過電腦版「eMask口罩預購系統」網頁，以健保卡或自然人憑證插卡登入後進行認證預購。
- 口罩實名制3.0：超商預購
為增進民眾購買口罩管道的多元性和便利性，紓緩藥局實體通路的壓力，政府推出「口罩實名制3.0」，民眾只需在超商的Kiosk事務機，插入健保卡，即可預購下一輪口罩，讓大家有更多元方便的通路買口罩。