1.民眾方面：為了簡政便民，補充保險費係由給付單位在給付民眾應計收補充保險費的6項所得時，依照規定的費率及上下限的範圍（2萬元以上1千萬元以下）予以扣取，並於次月底前交付健保署。 但股利所得因可扣抵稅額變動或僅發放股票股利及現金股利不足扣取股票股利之補充保險費者，得由扣費義務人彙報健保署，由健保署直接向保險對象補收。

2.雇主方面： 每月應繳補充保險費，應依規定費率併同其員工一般健保費，按月向健保署繳納。