(一)各行業別雇主間的負擔更趨公平：二代健保將薪資總額與投保金額總額間之差額，增列為補充保險費計費基礎，如此不但可以達到平衡整體保險經費負擔比例之目的，亦可讓過去採低底薪、高獎金之投保單位，更公平合理的負擔雇主應負擔的保險費，使各行業別雇主間的負擔更趨公平性。

(二)投保單位將薪資轉以其他名目給付之誘因減少：舊制下，保險費之計算基礎為經常性薪資(一般為月薪)，因此確實有可能發生投保單位為規避保費責任而以其他名目給付之現象，此舉對於純以薪資名目給付之投保單位及被保險人，並不公平。二代健保新制針對投保單位每月支付之薪資總額與其受僱者每月投保金額總額間之差額，計收補充保險費，較舊制該差額未收取任何保險費，實已顯著降低其轉以其他名義給予之誘因。