依所得稅法第92條規定，政府機關為給付所得之扣繳義務人時，每年應填具扣繳憑單並發給納稅義務人，且為利在約醫事機構瞭解各項應納稅款金額，健保署均併同醫療費用分列項目表提供院所機構參考。

本署自2021年將扣繳憑單提供全面改為電子化，多數院所表示資料取得更加便利了，資料取得時間從原本4月提前到2月，節省了2個月的等待外，也不用擔心紙本扣繳憑單未寄達所衍生個資外洩的問題。實施前後相較，人時及成本均節省達99%，節省紙張數20萬張以上。

扣繳憑單全面電子化，提供在約醫事機構更多的及時與便利，也落實節能減碳動及各方人力成本支出，過程中雖有不同的聲音及需求，本署亦耐心細心一同解決克服，期在所得扣繳憑單上，對各醫事機構更友善有效率。