衛生福利部設有全民健康保險爭議審議會，由主管機關代表、法學、醫藥及保險專家組成，如被保險人、投保單位及保險醫事服務機構對保險人核定的案件有所爭議，可提請該會審議。申請人申請審議時，應於接到保險人核定通知文件之日起六十日內，填具全民健康保險爭議申請書，向全民健康保險爭議審議會（地址：11558臺北市南港區忠孝東路6段488號，電話：(02)8590-7222）申請審議。保險對象、扣費義務人及投保單位對該會的審議不服時，得依法提起訴願及行政訴訟。