衛生福利部於90年度起編列預算設立全民健康保險紓困基金，依全民健康保險法第九十九條第三項規定，訂定「全民健康保險紓困基金申貸辦法」，由中央健康保險署辦理貸款相關業務，被保險人如因經濟困難而無法繳納全民健康保險之保險費及應向醫事服務機構繳納依健保法第五十條第一項規定應自行負擔之費用尚未繳納部分，即可透過健保署向全民健康保險紓困基金申請無息貸款。