依全民健康保險法規定，醫事機構是以藥價基準向中央健康保險局(以下簡稱健保局)申報藥費，於是醫事機構有誘因去議價，健保局再透過定期之藥價調查，將醫事機構議價之成果，反應於支付價格之調降，使民眾間接獲益。健保局經過5次藥價調查，調降幅度達每年220億元。但是經臺灣臺南地方法院檢察署（以下簡稱臺南地檢署）追查發現，仍有為數不少藥商及醫院於申報時隱匿了「折讓」、「贈品」、「現金捐贈」、「管理費」及以其他名義方式，而將與藥品交易有關係之利益，未以實際交易價格申報，因此，請健保局對「全民健康保險第5次年度藥價調查」進行「再確認及更正申報」作業。

經過健保局及臺南地檢署這幾個月來密切合作，這次再確認及更正申報資料作業，已初步完成，且依原公告原則重新計算調整藥價，預計可再調降5,700餘項，減少約60億藥費支出，累計前一波之調降，可減少達150億元藥費支出，平均調幅約為16.6%。另為使藥價調降之利益能回歸民眾，健保局主張減少之金額，一部分應自總額基期中扣除。

另外，為確保申報資料的正確性，健保局配合臺南地檢署進行健保藥價實地查核，目前已進行3次行動，共計有5家醫院、11家藥商，目前正在地檢署偵辦中，如發現涉及違法情形，將依相關規定辦理。後續也將持續配合高檢署及各地檢署，針對異常藥商、醫院再進行查核。除此之外，為利藥價調查之進行，將修訂藥價基準，將經銷商納入管理，且研議推動定型化契約，建立公平交易合理規範及帳務簽證等制度。另為使藥價制度更周延，亦將推動落實藥品費用支出目標及藥價差折讓回收制度，期能建立藥價自動調整機制，促使藥價調幅透明化、可預測性。

這次藥價調查再確認及更正申報作業，感謝相關檢調單位積極投入協助，也特別感謝臺南地檢署朱前檢察長朝亮、現任蔡檢察長瑞宗、曾主任檢察官昭愷、吳檢察官文政、吳檢察官維仁、其他檢察官及相關檢察事務官等盡心盡力帶領團隊進行查核，後續並持續由健保局與高檢署合作，以促使藥價能更臻合理及醫療資源有效分配。