由於依傳染病防治法第44條規定，經由主管機關「施行隔離治療者」費用由中央主管機關編列公務預算支應，因此行政院衛生署疾病管制局之經費主要用於支應結核病患強制隔離住院之花費，另依全民健康保險法第2條規定：本保險於保險對象在保險有效期間，發生疾病、傷害、生育事故時，依本法規定給與保險給付，因此在隔離強制住院以外之醫療費用，係屬全民健康保險給付範圍。

對於報載全民健康保險局要將結核病正式納入支付，主要是針對健保局自90年11月推動結核病醫療給付改善方案（論質計酬試辦計畫），本方案試辦至今，其主要目的是以個案管理為導向，使結核病能確實完治，避免傳染源流動及抗藥性肺結核病菌的出現，以節省後續之醫療費用，健保局規劃本方案導入支付標準全面實施，係為節省健保醫療費用支出，支付標準之規劃內容沿用原計畫之支付規定且考量健保財務刪除部分項目，對於健保負擔並未增加，非為重納健保。