為因應中國大陸H7N9新型流感疫情，行政院已於4月3日成立中央流行疫情指揮中心，防疫如同作戰，健保局也不缺席，將密切注意疫情發展，並以過去抗SARS經驗積極配合衛生署疾病管制局各項防疫措施，確保民眾之健康維護。

為協助防疫，健保局將利用健保資料庫進行協助，依據 H7N9通報資料與健保資料庫勾稽，即時掌握病患居住地區或工作場所是否有通報個案聚集，同時及時與健保資料勾稽，確實掌握醫療院所看診醫師及醫療人員與通報病例接觸，有否門住紀錄等情形，上述資料並回饋疫情指揮中心，及醫療院所，以協助醫療院所醫師與醫療人員，避免疫情進一步擴大或導致院內感染。

依據健保局的統計資料顯示，截至102年4月10日止，全國健保特約醫院中設置有負壓隔離病房或SARS隔離病房的家數有131家，總床數共1,651床，可備不時之需。若疫情進一步擴大，健保局亦會即時掌握病例就診資訊，透過健保局與醫療院所縝密之醫療服務系統協助與及時訊息連繫，以防制疫情擴散，確保全民健康。