(一)二代健保新制下，企業除依過去制度負擔受僱者保險費(投保金額×一般保險費率×60%(負擔比率)×(1+平均眷口數)之外，也必須多繳納一筆補充保險費，即按照每個企業每月所支付的薪資總額與其受僱者每月投保金額總額間的差額，乘上補充保險費率計算之。

(二)企業整體負擔比率不會增加：雖然民眾和雇主都要視狀況加收補充保險費，但是健保法明定政府保險費之負擔比率，不得低於36%，較原來高約2%。因此，民眾和雇主的整體負擔比率，不但不會增加，反而會下降。

(三)個別企業之保費增減與薪資結構有關：增加補充保險費之財源後，一般保險費之費率下降，因此企業雖必須另外負擔補充保險費，但同時也因一般費率調降，而減少原有保險費支出。因此，個別企業之整體保費負擔是否會增加，須視薪資結構而定：
1.保費減少的企業：如果企業受僱員工的酬勞都是以經常性薪資(月薪)為主的企業，大多數的薪資報酬也已經納入投保金額時，那麼需要額外繳交的補充保險費相對有限，由於一般費率調降，其整體保費負擔可能減少。
2.保費增加的企業：如果企業聘有許多兼職員工，或是受僱者酬勞中包含許多獎金或紅利，因其支付的薪資當中，有很高的比率並未納入投保金額計繳健保費，雖一般保險費率調降，因需另外繳納之補充保費較多，企業保險費負擔仍可能增加。