1.過去健保制度僅以經常性之薪資所得（一般為月薪），作為保費計算基礎，因此往往會有總薪資所得相同，卻因薪資結構不同，而有不同保險費負擔之不公平狀況。

2.二代健保為使保險對象保險費之負擔更趨公平性，在既有之計費基礎下，對其他非所屬投保單位之薪資所得計收補充保險費，以拉近薪資所得相同之受僱者間保費負擔差距，可使計費基礎更趨公平。

3.為照顧弱勢民眾，補充保險費制度於實施初期（102年1月1日至103年8月31日），特別於全民健康保險扣取及繳納補充保險費辦法第4條第3項第7款中明定針對兒童及少年、中低收入戶、中低收入老人、領取身心障礙者生活補助費或勞工保險投保薪資未達中央勞工主管機關公告基本工資之身心障礙者、在國內就學且無專職工作之學生及符合全民健康保險法第100條所定經濟困難者等對象，規定其領取非所屬投保單位給付之薪資所得(兼職所得)之單次給付金額，未達基本工資免予扣取補充保險費。 惟二代健保實施以來，民意迭有反映，原有規定雖然已相當程度減輕弱勢民眾負擔，但對於不符合該等身分，因家計而須另外兼職之低薪受僱者，負擔仍重，衛生福利部爰修正第3項第7款，將非所屬投保單位給付之薪資所得，單次給付，未達基本工資者，免予扣費，並自103年9月1日起實施。