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自從發現幽菌以來，有關幽菌的根除及治療方法便不斷更新；目前最普遍的治療原則為質子幫浦抑制劑合併使用兩種抗生素的「三合一療法」，連續服用一週；待「三合一療法」結束後，繼續服用質子幫浦抑制劑，使潰瘍治療完全。

有關幽菌治療，目前健保給付最長可達四個月。